No es fácil exponer sistemáticamente el contenido de una producción como la de Guénon porque, a pesar del rigor de su método y de la precisión casi matemática de su expresión, ha sido elaborada al margen de todo espíritu de sistema. Y ello obedece al convencimiento de su autor de que sistematizar la metafísica equivale a desnaturalizarla. Schuon ha afirmado 37 que se pueden estudiar cuatro grandes temas en su obra: la doctrina metafísica, los principios tradicionales, el simbolismo y la crítica del mundo moderno. Esta clasificación es aceptable siempre que se destaque que en la producción guenoniana hay un solo "protagonista": la metafísica.
A pesar de los equívocos semánticos que ha suscitado un uso no siempre riguroso de la palabra "metafísica", Guénon se decide a aceptarla restituyéndole su significación primitiva y etimológica: más allá de la física, y entendiendo la "física" tal como la interpretaban los antiguos, es decir, "ciencia de la naturaleza". Desecha la palabra "Conocimiento", de uso corriente en la India en lugar de "metafísica", porque su empleo en Occidente induciría fácilmente a error.
Adoptado el término, se presenta un segundo problema, el de su definición. La dificultad se origina, ante todo, en que solo por analogía se puede hablar de un "objeto" metafísico. La metafísica —en el sentido guenoniano, que es el tradicional— se ocupa de lo universal, del conocimiento de los principios eternos y universales. Solo se puede definir lo que es limitado, ¿cómo definir, pues, lo esencialmente ilimitado? Una definición de la metafísica sería cada vez más inexacta a medida que nos esforzáramos por hacerla más precisa.
Por eso, la infinitud de su objeto analógico aconseja recurrir a términos de forma negativa, pues solo una doble negación puede sugerir la infinitud primordial, pues negar la finitud equivale a negar la negación de la infinitud.
Con respecto al origen de la metafísica, Guénon dirá lo que se afirma de los libros metafísicos del Vedanta: es de origen no-humano (apaurusheya). El modo de conocimiento es distinto del científico; éste es racional, discursivo, y siempre indirecto; aquél, en cambio es suprarracional, intuitivo e inmediato. Ahora bien, hay diversas formas de intuición, por ejemplo, hay una intuición sensible y una intuición intelectual. El órgano de conocimiento metafísico es la intuición intelectual pura.
La comunicación del conocimiento metafísico puede solo hacerse por medio de símbolos que sirven de apoyo a la intuición de los que meditan sobre ellos. No es por la razón (ratio), órgano limitado de conocimiento, sino por el intelecto puro (análogo al intelecto agente de Aristóteles) como se puede alcanzar lo universal.
El conocimiento metafísico es inexperimentable por estar "más allá del mundo físico", pero tampoco es demostrable porque la universalidad de su "objeto" escapa a la razón individual. Hay un medio de prueba excepcional, único e intransferible: la realización metafísica, y un solo modo necesario para prepararse para ella: el conocimiento teórico y la concentración.
Pero la teoría es simbólica y virtual: solo la realización efectiva del conocimiento proporciona la certidumbre final. Ésta es la realización metafísica cuyo principio es la identificación por el conocimiento; como dice Guénon, un ser es todo lo que el ser conoce: "consiste en la toma de conciencia de lo que es de una manera permanente e inmutable, fuera de toda sucesión temporal o de cualquier otra naturaleza" 38.
La primera etapa de la realización metafísica consiste en la transmutación del individuo en el hombre verdadero, es decir en alcanzar, mediante el desarrollo de la individualidad integral, la restauración del estado primordial. El hombre verdadero adquiere el sentido de la eternidad; para él, la sucesión (aparente) de las cosas se ha transmutado en simultaneidad (real).
El estado primordial corresponde todavía al individuo humano; la segunda etapa de la realización se refiere a los estados suprahumanos (supra-individuales). El ser humano abandona el mundo de las formas, después de haber pasado por varios estados intermedios; el último de ellos es el ser puro o principio de la manifestación.
No se ha cumplido aún el objetivo final que es trascender el ser hasta alcanzar el estado absolutamente incondicionado, que implica la negación de la existencia relativa. Puede decirse que el ser está más allá de todos los estados, o también que los contiene a todos, o que ha alcanzado la liberación de todo condicionamiento: la unión con el Principio supremo 39.
En la Introducción general al estudio de las doctrinas hindúes decía Guénon que el ser no es el más universal de todos los principios 40, por eso la metafísica aristotélica en la medida que estudia el ser en cuanto ser, no trasciende el plano ontológico 41. El ser, aun entendido como principio de la manifestación, no es infinito porque no coincide con la posibilidad total: fuera del ser, mejor dicho, más allá del ser, todavía hay las posibilidades de no-manifestación; el ser es, pues, la primera determinación. En El simbolismo de la cruz, en El hombre y su devenir según el Vedanta y principalmente en Los estados múltiples del ser 42, Guénon expone la teoría de los estados múltiples del ser.
Más allá del ser —en la no-manifestación— está el no-ser. El ser mismo, en la medida en que es el principio de la manifestación, no puede pertenecer a la manifestación, es decir, está en la no-manifestación. Además, hay en la no-manifestación lo manifestable antes de su manifestación y, por supuesto, lo no-manifestable, es decir, el no-ser, que es como el Supra-Ser, porque contiene al principio mismo del ser.
Aun cuando, usando una analogía, podríamos afirmar que el no-ser está más cerca del infinito que el ser, el infinito es el conjunto del ser y el no-ser. Ser y no-ser, considerados independientemente, no pueden ser infinitos porque se limitan mutuamente, es decir, se "finitizan" entre sí 43. La Posibilidad Universal, ilimitada, absolutamente incondicionada, es el infinito mismo.
En Los estados múltiples del ser se establece una analogía entre las relaciones no-ser-ser y silencio-palabra: así como el no-ser (lo no-manifestado) es el principio del ser (lo manifestado), el silencio es el principio de la palabra. Dicho de otro modo, el ser o la unidad no es sino el no-ser, o cero metafísico, afirmado; la palabra es el silencio expresado. Pero así como el no-ser es algo más —infinitamente más— que la unidad no-afirmada, análogamente, el silencio es algo más —infinitamente más— que la palabra no-expresada: es lo inexpresable.
Esta concepción de la metafísica como el conocimiento supremo, como una sabiduría no humana, eterna, inmutable e infinita (ilimitada) ha sido denominada por Ananda Coomaraswamy philosophia perennis et universalis porque es la herencia común de toda la humanidad sin excepción 44. Schuon 45 prefiere la expresión religio perennis para evitar toda confusión posible con un sistema filosófico entendido como una mera "elaboración mental".